RNA-sequencing을 이용한 제주도 인접 바다의 메타전사체 프로파일링 KCI

Title
RNA-sequencing을 이용한 제주도 인접 바다의 메타전사체 프로파일링
Alternative Title
Marine Metatranscriptome Profiling in the Sea Adjacent to Jeju Island, Korea, by RNA-sequencing
Author(s)
황진익; 강민경; 김강은; 정승원; 이택견
KIOST Author(s)
Kim, Kangeun(김강은)Jung, Seung Won(정승원)Lee, Taek Kyun(이택견)
Publication Year
2020-07
Abstract
바다는 바이러스를 포함하는 다양한 생물체의 풍부한 자원을 제공한다. 본 연구에서는 계절에 따른 제주 바다의 해양 미생물 군집을 확인하기 위해 3월과 12월에 해수 샘플을 수집하여 total RNA를 추출, HiSeq2000 및 de novo 전사체 어셈블리를 사용한 NGS를 실시하였다. 그 결과, 3월 및 12월 시료에서 각각 652,984 및 163,759 개의 전사체를 확인하였다. 3월 샘플에서는 해양 박테리아가 우점하였으나 12월 샘플에서는 진핵생물이 우점하였다. 박테리아 군집은 두 샘플간에 상이하였으며, 이는 계절 변화 동안 박테리아 군집이 변화하였음을 보여주었다. 또한, 해양바이러스를 확인하기 위하여, Megablast를 사용하여 바이러스 참조 데이터베이스에 전사체를 검색하였다. 해양박테리아를 감염시키는 박테리오파지가 두 샘플에서 우점하는 것을 확인하였다. 그러나, 우리는 두 개의 전사체에서 다양한 헤르페스바이러스와 관련된 transcripts가 풍부함을 확인하였으며, 이는 제주도 인근 바다에서 물고기를 감염시키는 헤르페스바이러스의 위협 가능성을 나타낸다. 종합하면, 우리의 데이터는 해양 커뮤니티 연구 및 가능한 해양 바이러스 병원체를 식별하는 데 유용할 것이다.
ISSN
1225-9918
URI
https://sciwatch.kiost.ac.kr/handle/2020.kiost/38798
DOI
10.5352/JLS.2020.30.7.625
Bibliographic Citation
생명과학회지, v.30, no.7, pp.625 - 629, 2020
Publisher
한국생명과학회
Keywords
Metatranscriptome; NGS; microbial community; Jeju Island; viral pathogens
Type
Article
Language
Korean
Publisher
한국생명과학회
Related Researcher
Research Interests

Phytoplatnkon taxonomy,Phytoplatnkon physiology,Phycosphere,식물플랑크톤 분류,식물플랑크톤 생리,식물플랑크톤, 바이러스, 박테리아 관계

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