RNA-sequencing을 이용한 제주도 인접 바다의 메타전사체 프로파일링 KCI
DC Field | Value | Language |
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dc.contributor.author | 황진익 | - |
dc.contributor.author | 강민경 | - |
dc.contributor.author | 김강은 | - |
dc.contributor.author | 정승원 | - |
dc.contributor.author | 이택견 | - |
dc.date.accessioned | 2020-12-10T07:58:02Z | - |
dc.date.available | 2020-12-10T07:58:02Z | - |
dc.date.created | 2020-08-03 | - |
dc.date.issued | 2020-07 | - |
dc.identifier.issn | 1225-9918 | - |
dc.identifier.uri | https://sciwatch.kiost.ac.kr/handle/2020.kiost/38798 | - |
dc.description.abstract | 바다는 바이러스를 포함하는 다양한 생물체의 풍부한 자원을 제공한다. 본 연구에서는 계절에 따른 제주 바다의 해양 미생물 군집을 확인하기 위해 3월과 12월에 해수 샘플을 수집하여 total RNA를 추출, HiSeq2000 및 de novo 전사체 어셈블리를 사용한 NGS를 실시하였다. 그 결과, 3월 및 12월 시료에서 각각 652,984 및 163,759 개의 전사체를 확인하였다. 3월 샘플에서는 해양 박테리아가 우점하였으나 12월 샘플에서는 진핵생물이 우점하였다. 박테리아 군집은 두 샘플간에 상이하였으며, 이는 계절 변화 동안 박테리아 군집이 변화하였음을 보여주었다. 또한, 해양바이러스를 확인하기 위하여, Megablast를 사용하여 바이러스 참조 데이터베이스에 전사체를 검색하였다. 해양박테리아를 감염시키는 박테리오파지가 두 샘플에서 우점하는 것을 확인하였다. 그러나, 우리는 두 개의 전사체에서 다양한 헤르페스바이러스와 관련된 transcripts가 풍부함을 확인하였으며, 이는 제주도 인근 바다에서 물고기를 감염시키는 헤르페스바이러스의 위협 가능성을 나타낸다. 종합하면, 우리의 데이터는 해양 커뮤니티 연구 및 가능한 해양 바이러스 병원체를 식별하는 데 유용할 것이다. | - |
dc.description.uri | 2 | - |
dc.language | Korean | - |
dc.publisher | 한국생명과학회 | - |
dc.title | RNA-sequencing을 이용한 제주도 인접 바다의 메타전사체 프로파일링 | - |
dc.title.alternative | Marine Metatranscriptome Profiling in the Sea Adjacent to Jeju Island, Korea, by RNA-sequencing | - |
dc.type | Article | - |
dc.citation.endPage | 629 | - |
dc.citation.startPage | 625 | - |
dc.citation.title | 생명과학회지 | - |
dc.citation.volume | 30 | - |
dc.citation.number | 7 | - |
dc.contributor.alternativeName | 강민경 | - |
dc.contributor.alternativeName | 김강은 | - |
dc.contributor.alternativeName | 정승원 | - |
dc.contributor.alternativeName | 이택견 | - |
dc.identifier.bibliographicCitation | 생명과학회지, v.30, no.7, pp.625 - 629 | - |
dc.identifier.doi | 10.5352/JLS.2020.30.7.625 | - |
dc.identifier.kciid | ART002610777 | - |
dc.description.journalClass | 2 | - |
dc.description.isOpenAccess | N | - |
dc.subject.keywordAuthor | Metatranscriptome | - |
dc.subject.keywordAuthor | NGS | - |
dc.subject.keywordAuthor | microbial community | - |
dc.subject.keywordAuthor | Jeju Island | - |
dc.subject.keywordAuthor | viral pathogens | - |
dc.description.journalRegisteredClass | kci | - |