해양보호구역은 해양생물종과 서식지보호, 해양생물다양성 보전, 수산자원의 복구, 관광활동의 환경친화적 관리, 해양자원을 이용하는 이해관계의 갈등 조정 등의 목적을 달성하기 위하여 일정공간을 구획하고 관리하는 제도이다. 우리나라는 현재까지 16개의 해양보호구역을 지정하였고 지속적인 추가 지정 및 확대, 관리정책을 추진하고 있다. 본 고는 2008~2011년 보호구역의 성과 평가 및 관리성과 평가 시스템에 대한 분석을 통해 개선방안을 제시하고 있다.