곰소만 갯벌의 퇴적환경 변화를 파악하기 위하여 2011년 2월부터 2012년 2월까지 퇴적물 특성, 지형 그리고 단기적인 퇴적율을 조사하였다. 만 내부 상암리 측선(KB-line)은 1년 동안 퇴적 되었으며, 봄, 가을, 겨울철에 퇴적이 일어나 순 퇴적율은 40.90mm/year이었다. 만 중앙부 하전리 측선(KH-line)과 만 입구에 위치한 만돌리 측선(KM-line)은 봄과 여름철에 퇴적, 가을과 겨울철에 침식이 우세하였으며 1년 동안 침식 되어 순 퇴적율은 각각 -29.86mm/year와 -9.92mm/year 이었다. 만 입구와 중앙부 갯벌은 단기적으로 봄과 여름철에 주진천과 외해에서 유입된 펄 퇴적물이 퇴적되고, 가을과 겨울철에 조류와 파랑에 의하여 퇴적물이 외해로 이동되어 침식된다. 10년 이상 장기적인 지형고도 비교에서 침식이 우세하며 최대 50cm 이상 침식된 지역이 있는 것으로 나타났다. 만 입구와 중앙부 갯벌의 단기적인 퇴적율과 장기적인 지형 변화를 종합하면, 곰소만 갯벌은 만 내부에서 퇴적, 만 중앙부와 입구에서 침식이 일어나고 있었다.