장목만에서 섬모충류 군집의 현존량을 파악하기 위하여 2004년 1월부터 12월까지 수온, 염분, 엽록소 및 섬모충류의 현존량을 일주간격으로 조사하였다. 조사기간 동안 표층수온은 5.11~28.8 ℃, 저층수온은 5.0~26.9 ℃의 범위를 보였다 표층염분은 22.5~33.0 psu, 저층염분은 28.7~33.5 psu 범위를 보였다. 섬모충류의 현존량 분포는 평균 4.88x106 cells/l로 나타났고 표층 평균은 4.16x106 cells/l, 저층은 0.71x106 cells/l로 표층에서 약 6배 높게 나타났다. 전반적으로 여름에 높고 겨울에 낮은 출현량을 보였다. 조사기간 동안 무피류 (aloricate ciliates)는 표층과 저층에서 각각 섬모충류 현존량의 약 49%와 66%를 차지하여 가장 우점하는 그룹으로 나타났다. 종피류 (loricate ciliates)는 각각 평균 18% 와 27%를 차지하였으며 6월과 7월에 비교적 높은 생물량을 보였다. Myrioneta rubra는 표층에서 섬모충류 군집 현존량에서 평균 32%, 저층에서는 평균 7%를 차지하였으며 광합성하기 유리한 표층에서 높게 출현하였다.