새만금 방조제 건설 직후인 2006년 4월부터 계절별로 만경강과 동진강 하구역이었던 수역에서 otter trawl을 이용하여 어류를 채집하여 계절에 따른 어류 종조성을 밝히고, 같은 방법으로 자료를 수집하였던 물막이 공사 중인 2001-2002년의 어류 종조성 자료와 비교하였다. 조사 기간 중 총 35종, 8,960마리, 53,084.4g의 어류가 채집되었으며, 기수의 주거종인 망둑어과 어류와 돛양태과 어류가 주를 이루었고 일부 회유종들이 채집되었다. 기수 어류인 풀망둑은 거의 전 계절에 걸쳐 우점하였고, 7월에는 전어와 삼치가, 11월에는 멸치가 대량 출현하였다. 일시적으로 대량 출현한 이 3종은 외해에서 월동하는 부어류들로 일시적으로 수문을 통하여 들어온 종들로 판단된다.