우리나라 남해 및 동중국해에 출현하는 자치어 종 조성을 정확하게 파악하기 위하여 형태 및 분자동정을 실시하였다. 본 연구에서는 2016년 8월에 채집한 1,935개체의 자치어 시료 중 형태형질로 종을 구분하기 어려운 140개체를 분석대상 시료로 선별하였다. 자치어의 미토콘드리아 DNA COI 유전자 염기서열을 확보하여 BLAST 및 BOLD 시스템으로 종을 분석한 후 형태동정 한 결과와 비교하였다. 자치어 139개체의 형태동정 결과와 분자동정 결과를 비교 분석한 결과, 종(species) 수준에서는 6.5%가 일치하였는데형태적 특징이 뚜렷한 전갱이과(Carangidae)와 참서대과(Cynoglossidae) 어류가 대부분을 차지하였다. 속(genus) 수준에서는 10.8%가 일치하였고 주로 날개멸과(Bregmacerotidae)와 참서대과(Cynoglossidae) 어류에 해당하였으며, 과(family) 수준에서는 33.1%가 일치하였고 주로 망둑어과(Gobiidae), 샛비늘치과(Myctophidae), 놀래기과(Labridae), 민어과(Sciaenidae) 등의 어류였다. 어류는 초기생활사 단계에서 대부분의 종들이 매우 급격한 형태변이를 겪기 때문에 형태형질을 이용하여 속과 종 수준까지 분석하는 것은 매우 어렵고 종 분석의 정확도가 낮다. 이와 같은 연구결과로부터 특정 해역에 출현하는 자치어의 종 조성을 파악하기 위해서는 형태형질과 유전자 정보를 함께 이용하여 분석하는 것이 타당할 것으로 생각된다.