ACP (anealing control primer)-based PCR 방법을 이용한 참돔의 성장관련 후보유전자 탐색

Abstract

ACP-based PCR 방법을 이용하여 참돔의 성장관련 후보유전자를 탐색하기 위하여 선발집단과 대조군 사이에 발현량 차이를 나타내는 유전자를 탐색하여 DEG (differentially expressed gene)를 확보하였다. DEG의 정확도를 높이기 위하여 stringency를 조절하여 탐색하여 선발집단에서 발현량이 많은 DEG 7개와 적게 발현될 것으로 추정되는 1개의 DEG를 확보하여 염기서열을 조사하였다. 8개의 DEG 중 단편의 크기가 작은 6번 DEG는 염기서열 결정을 성공하지 못했으며, 다른 7개의 DEG 염기서열은 발현유전자의 특성을 파악하기 위하여 상동성을 검색하였다. 7개중 4개의 DEG (#1, #5, #7, #8)는 아직 기능이 밝혀지지 않은 유전자 단편과 높은 상동성을 나타냈고, DEG #4는 housekeeping 유전자인 GAPDH 유전자에 해당하였다. DEG #2와 DEG #3은 muscle-type creatine kinase 유전자와 유사하였다. Muscle-type creatine kinase는 cellular energetics에 있어 중요한 기능을 담당하는 creatine kinase isoenzyme family에 속한다. Creatine kinase는 dimer로 존재하며, 많은 에너지를 요구하는 조직에서 intracelluar ATP level 유지 기능을 담당한다. Smooth muscle 조직에서 발현되는 muscle-type creatine kinase는 근육조직의 에너지 대사 및 근육형성에 관여할 것으로 추정하고, 참돔의 근육조직에서 성장에 따라 차등발현하는 양상을 나타내어 성장관련 후보유전자로 선정하였다.